就任南宁市市长后，莫文骅从维护社会治安入手，建立良好的社会秩序，巩固人民政权。
１９４９年１２月４日晚，南宁解放了。
接到南宁解放的报告，莫文骅非常兴奋，难以入睡。作为一个南宁人，他离开家乡已经整整２０年了，无数次梦回乡关，如今很快就要变成现实了，他怎么能睡得着呢？当年随着红七军离开广西时，他就暗暗地发誓，一定要打回来。２０年过去了，今天他所率领的部队终于解放了家乡，他的心情格外激动。
作为主攻部队的领导，莫文骅率兵团总部抵达南宁后，他们的首要任务就是迅速接管城市，建立人民政权。
１９４９年１２月２２日，中国人民解放军第四野战军南宁军事管制委员会成立，莫文骅任主任，兵团副政委吴法宪任副主任。该委员会是当时南宁最高权力机关，统一领导政治、军事、经济、文化等事宜，办公地点与兵团政治部一起设在民生路原广西银行的楼上。
南宁市警备司令部也于当日成立。接着，又成立改编委员会，莫文骅任主任。
根据中央关于“接收一切公共机关产业和物资，并加以管制和监督”的指示精神，结合南宁的实际情况，莫文骅分别派出军代表，对南宁原国民党军政机关、司法、交通、银行等部门和物资实行全面接管，责令其留守人员保管好物资、档案，完整移交。对其旧职人员，按中央指示，实行“包下来”的政策，继续留用。对暂无工作的职员，也发给大米，解决其生活问题，有些分配了工作，如原银行分行行长邓绍棠任广西银行第二办事处主任等。
１２月２９日，莫文骅主持召开了南宁市各界代表座谈会。会上，莫文骅向代表们阐明南宁军管时期的工作方针和任务，号召全市各阶层群众共同努力，肃清潜伏的匪特，维持治安，恢复生产，建立起新的社会秩序。
１９５０年１月２２日，南宁市人民政府正式成立和对外办公，中央人民政府政务院总理周恩来任命莫文骅为市长，刘锡山、雷荣珂为副市长。随后，逐步健全下属各级工作机构和各种群众团体，把全市的各项工作纳入正常轨道。
不久，南宁市首届各界人民代表会议召开，莫文骅以市长身份作了《南宁市施政方针及今后三个月的任务》的报告，阐明党的方针政策和当时的形势及市政府的施政方针，提出了肃清匪特、巩固治安、建立革命的社会秩序作为南宁市今后３个月的中心工作。会上还选举产生了市首届协商委员会，莫文骅为主任委员，孙以谨、张景宁为副主任委员。这样的会议，仅１９５０年就召开了三次。
建国之初，由于各条战线急需大批干部，莫文骅除了依靠南下工作队和地下党的干部，大力培养选拔本地工农干部外，还注意吸收了一些大革命时遗留下来的革命骨干参加工作，如黄道生为改编委员会委员，杨赐璋为邕宁县副县长，孙醒依为妇联委员。
同时，根据中央精神起用了一批民主人士。这样，既能发挥他们的特长，为新政权服务，又能通过他们广泛团结社会各阶层人士，发展党的统一战线，扩大民主政权的基础。
李任仁是白崇禧的老师，在广西有一定的影响，莫文骅常到他家里看望，询问他生活上有什么困难。当了解到他家楼板上有白蚁时，立即给他调房。他搬出后不久，楼房便塌下来，故他对党很感激，积极工作。实践证明，起用这些人是正确的，长期以来，他们中的绝大多数都能与党同舟共济，肝胆相照，为地方建设作出了贡献。
南宁是国民党桂系军阀的老巢，也是全国解放较晚的城市，国民党军政官员、散兵游勇、土匪特务多如牛毛，黑社会势力也十分猖獗。
为打击匪特的嚣张气焰，安定社会秩序，市军管会、警备司令部、公安局集中力量，连续破获几起潜伏的匪特案件。２月１４日，惩办了潜入南宁市的“广西总队”司令施鼎昌、副司令严志仁、军需主任焦同安、特别总队司令陆建平等４名匪特；端午节前，破获匪特“华中长官公署左右江反共别动军驻邕谍报组”，逮捕了主犯苏芬、杨化隆、周汉生等８人。
与此同时，为了配合剿匪，市政府还开展了收缴民枪的工作。并挑拣出最好的民枪来武装公安部队、工人纠察队和市郊民兵组织。
在这一时期，莫文骅着力革除旧社会遗留下来的恶习，明令禁毒、禁赌、禁娼，先后查封鸦片烟馆，关闭赌场，取缔花艇、妓院，把打击贩毒、严惩鸨公鸨婆同教育烟鬼、赌徒结合起来，综合治理社会痼疾。
就这样，莫文骅在整顿社会治安、巩固政权上多管齐下，把解放初南宁的社会混乱状况逐步扭转过来。
从南宁到广西全省，莫文骅全力投入广西的剿匪斗争。叶剑英说：广西剿匪不是广西一个省的问题，而是关系到全国的一场政治、军事斗争。毛泽东接到广西剿匪情况的报告后致电：“甚慰”，“望鼓励剿匪部队继续进剿，歼灭一切残匪”
广西是一个山多、民穷、枪多、匪多的地区。当地有“无山不有洞，无洞不有匪”之说。国民党溃退前，布置所谓“总体战”，将全省划为５个“军政游击区”，有计划地留下一批正规武装和特务分子。他们与反动地主恶霸武装、惯匪相勾结，形成一支庞大的政治土匪。他们杀人放火，制造暴乱，对新生的人民政权构成严重威胁。据不完全统计，当时公开活动的土匪武装有２００多股，约９万人（内有正规军３万多人），为中南六省之最。
莫文骅率部到南宁不久，便时常收到一些地方匪特袭击我小股部队，制造暴乱，骚扰百姓的报告。据了解，这些土匪不仅受滞留香港的一些桂系军阀头目所遥控，而且得到台湾国民党政权的支持。国民党的飞机常常飞到土匪盘踞之地，投下枪支弹药和银元黄金，期望他们有朝一日做“反攻大陆”的内应。
镇压暴乱，肃清匪患，是广西解放初期的头等大事。１９５０年１月１０日和１月２４日，省委和军区连续两次联合发出《关于剿匪工作指示》，指出发动群众、武装群众、清剿匪特是全省军民的头等任务，是当前的中心工作，并提出在６个月内肃清股匪。广西军区发布关于剿匪的“军字第一号布告”，申明他们剿匪的决心和政策，号召“全省人民动员起来，配合人民政府、人民解放军，以期最短时间内肃清残匪、惯匪，巩固和平秩序，开始和平建设”。
全省的剿匪工作于１９５０年１月１５日全面展开。
剿匪大军狠狠打击了仍在顽抗之国民党残余正规武装，取得全歼敌十七兵团司令刘嘉树以下７０００余人的胜利。部分残敌见势来降。到１月底，全省收降改编残敌正规武装２０股，计１．４万多人。
然而，就在这时，一股土匪暴乱的逆流却在暗中涌动。１月２５日，发生恭城暴乱，其规模之大、人数之多、手段之残忍，震动了省内外。接着，玉林、梧州、平乐等地也发生了严重的土匪暴乱，被杀害的干部群众达３０００多人，损失公粮约４０万公斤。
面对武装匪徒的猖狂暴乱，莫文骅迅速派出部队镇压匪乱，杀了钟祖培等一批匪首骨干。同时召开会议，重新认识匪情，调整剿匪部署和对策。
５月至７月间，调派８个团的兵力，重点进剿桂东地区的十万大山、六万大山、大容山、圣堂山等地的股匪。为加强剿匪和发动群众工作，省委和军区决定以四十五军为主，成立“广西桂东南党政军委员会”。经过３个月的重点进剿，先后歼灭了匪“广西左右江反共别动军”第五师８００多人，宾阳地区“反共救国军十二纵队”司令陈洪豪所率７００多人，大容山区“桂南反共救国军”所属第一军军长庞积善以下２４００多人，“桂南反共救国军独立兵团”第二军军长朱光奎、副总指挥李扬威等股匪，基本上摧毁了大容山区、六万大山区、圣堂山区等地股匪，取得了歼匪３万余人的胜利。
４月２０日，莫文骅写了《广西四个月剿匪初步总结》，肯定各剿匪部队的功绩、经验，指出工作中存在的问题和教训，号召“全体党、政、军、民，更大地提高剿匪积极性，通力合作，为完成剿匪任务，安定社会而斗争”。
１９５０年上半年的剿匪斗争虽然取得了一定成绩，但剿匪进展不快，莫文骅认为，这里面有主观和客观两个方面的原因，而主观原因是主要方面。主观方面，一种是一些地方和部队对一些问题还没有很好地解决。在贯彻落实毛泽东关于“首恶必办，胁从不问，立功受奖”的镇压与宽大相结合的政策时，镇压了一批罪大恶极的匪首和顽固的反革命分子，也适时地争取了一批土匪来降，但一些地方和部队在掌握政策上有宽严失当的现象，有的土匪抓了因不知是土匪又放了，有时因抓得太多没地方关押，经初步教育，也放了。另一种是乱打、乱捕的现象。因为广西枪多匪多，“匪民难分”，在行动上就出现了乱抓乱捕，匪民不分的情况。客观方面的原因，就是土匪暴乱时往往裹胁群众参加，例如在二三月间土匪暴乱中，参加者中有六七十岁的老太婆，也有十四五岁的孩子。还有的部队筹粮时给老百姓打白条，有的不给就抓，老百姓有枪就打，这样抓住就定为土匪。莫文骅专门指出了这两种偏向的危害和纠正的办法。
抗美援期战争爆发后，一部分兵力要调离广西，剿匪兵力更加单薄。莫文骅几次向省委建议，请中南局、中南军区考虑给广西增派部队。后来二十一兵团（３个师）由湘入桂参战。
根据匪患和兵力情况，开始剿匪时，只能在大中城市和重点县城，并照顾到重要公路和水上交通线及重要桥梁、渡口的安全。当城市周围地区的匪患肃清之后，才能向山区进剿。后来，他们集中兵力，形成重点，一块一块搞。
在剿匪的战略方针上，大家的思想认识是一致的。随着广西酷暑天气的到来，部队不适宜进行大规模的进剿，各部队于７月转入夏休整训，进行整风学习。
从１０月开始，转入冬季重点剿匪阶段。１０月１６日，广西军区发出了４个月的剿匪计划，确定了以冬季实行土改的１７个县和主要交通干线两侧及人多粮丰地区为重点剿匪区。
由于党政军民齐心合力，１０月份便取得歼匪１．８万人的战绩，取得了冬季剿匪第一仗的胜利，受到中南军区的通报表扬。剿匪工作进展不快的被动局面正在扭转。
就在这时，莫文骅收到了中央军委毛泽东主席的来电，要求进一步加快剿匪的步伐。朝鲜战争爆发后，美蒋勾结，妄图“反攻大陆”，出现了进犯广东的动向。中央要求，两广必须统筹，广西迅速完成剿匪，以抽出兵力增援广东，加固海防，以备不测。
在这种大的局势下，广西剿匪的进度已为中央、毛泽东所关注。提前肃清广西匪患是国内外时局发展的迫切要求。
１１月１４日，毛泽东电示华南分局第一书记叶剑英、第三书记方方并告邓子恢、谭政及张云逸、莫文骅、陈漫远、李天佑，指出“为对付台湾匪帮可能向广东进犯，有增强广东兵力之必要。为此必须提前肃清广西匪患，以便从广西抽出一个军增强广东”，批评广西剿匪工作落后，要叶剑英前往广西帮助剿匪工作。
１１月１６日，毛泽东致电华南分局及广东军区、广西省委及广西军区，要求检查剿匪落后的原因，并提议“广西军区从１２月起仿照西南办法每月发一次剿匪通报”。当晚９时，他们接到毛泽东１６日的电报后（１４日电报尚没看到），深感不安，因广西的剿匪步伐跟不上全国的形势。同时，他们也清醒地看到广西剿匪已关系到党中央、毛泽东战略全局的安排。莫文骅即以省委名义草拟了一份电文，经张云逸、陈漫远、李天佑同意签发，报告毛泽东，表示接受批评和坚决改正。次日，省委召开常委会议，学习贯彻毛泽东指示，研究和制定措施，加快剿匪步伐。１１月２０日，他们又以张云逸、陈漫远、莫文骅、李天佑的名义发电给毛泽东，认真检查在领导剿匪工作中存在的“严重缺点”，详细汇报了冬季进剿情况及下步计划。当天，毛泽东给张云逸、陈漫远、莫文骅和李天佑回电，表示同意他们“对广西工作的检讨及方针计划，望本此做法，取得成绩，以利主动地应付时局”。
经过努力，从１９５０年１２月到１９５１年３月，他们取得了桂南、傜山剿匪的胜利。据统计，全省共歼匪１８万多人，收缴枪支２２万支。全省除桂西３０多个县外，基本消灭了股匪，从根本上扭转了剿匪的被动局面。毛泽东于１９５１年１月２日和１月２３日，先后致电广西省委、军区领导及中南军区党委，表扬广西“过去几个月剿匪工作有很大成绩”。匪焰大降，民气大伸。
１９５１年３月，莫文骅与李天佑共同起草了《西北部剿匪部署情况》的报告，呈省委、军区和华南分局，提出了兵分三路进剿三个重点匪区的具体计划。这个报告经省委、军区审定后执行。
从１９５０年１０月至１９５１年５月底，８个月共歼匪３３万多人，加上原来的，全省一年多时间，共歼匪４０余万人，其中师以上匪首５３７名，军以上匪首１７０名，基本肃清了全省股匪，胜利完成了剿匪任务。
５月１６日，毛泽东怀着喜悦的心情，致电广西军区并告中南军区，对广西剿匪取得的成绩表示“甚慰”，“望鼓励剿匪部队继续进剿，歼灭一切残匪”。
广西剿匪工作于１９５２年以全胜而宣告结束。
莫文骅以个人的名义直接报告毛泽东，建议尽快修铁路。毛泽东接到电报后，仅隔三天，便批示“同意”。韦国清向毛泽东介绍说：“这个公园是莫文骅当南宁市长时兴建的。”毛泽东满意地点着头
解放之初的南宁，百废待兴。
要在旧社会的废墟上开创新业，是莫文骅和新南宁市政府面临的艰巨任务。
为了发展生产，恢复经济，市政府首先把工作重点放在恢复商业上。这是因为广西工业落后，工业企业极少，先恢复和发展商业，才能为工业建设打下基础。刚解放时，工商界怕“共产”、怕挨斗的思想很普遍，不少商户关门歇业。市政府通过人民代表会议，召开工商界人士座谈会，与工商界人士交朋友等形式，宣传党的保护工商业的政策，打消他们的顾虑。
在恢复商业的同时，工业企业亦得以恢复。当时的南宁“电灯不明，自来水不清”，全市只有一座设备简陋、发电不正常的水电厂和一个火柴厂。南宁发电厂设备非常落后，市政府接管时，电厂的流动资金已经用完，电也发不出来了。军管会便拿出１万块大洋做电厂的流动资金。同时组织部队和机关干部到横县运木头给电厂做燃料，使电厂很快恢复发电。柳州、桂林、梧州等地的电厂和水厂，也在解放后迅速恢复了生产。其他各工矿企业，多是边接管边恢复生产。
在恢复工商业上，市政府采取了“克服困难，全力维持”的方针，积极贯彻“公私兼顾、劳资两利、城乡互助、内外交流”的政策，利用银行信贷、税收调节等方法，鼓励私人投资，扩大经营，以扶持工商业的恢复发展。
匪患严重时，市政府还派出军队为商户押运护航，维护交通线的畅通。经过努力，使许多解放时已歇业的商店重新开门营业，萎缩了的工业再现生机。
到１９５０年底和１９５１年初，南宁市工商业的户数和规模超过了１９４９年，财政收支趋向平衡，金融物价趋向稳定，市场也逐步繁荣，财政经济状况有了初步好转，党和人民政府的威信大为提高。
解放之初，省内的铁路、公路和内河航运已基本陷于瘫痪。莫文骅率部入桂作战前夕，湘桂铁路广西路段，设备陈旧，运输能力低，加上战争影响，铁路设施破坏严重。莫文骅考虑到这一情况，早在１９４９年１０月２５日，从湖南安江发电报给党中央、毛泽东，其中说道：“桂省粮食不够，今年大水灾有３００万灾民。而我８个军（十三兵团３个军，加四十一军，四十五军，二野陈赓兵团的３个军）入桂，军粮、民粮均成问题，请考虑。建议中央抢修湘桂铁路及将宾阳至南宁段１００多公里接轨（有路基），以利湖南粮食南下，否则，大军到南宁后继续向左右江前进及陈赓部进到云南则无粮食接济。为了开展广西经济，解决盐食，以免入超过大，请中央考虑新设邕钦铁路１５０公里以后，再设通龙州铁路。这个对国际革命重要。”
